新疆工程学院的王牌专业包括：
1. 安全工程
2. 采矿工程
3. 能源与动力工程
4. 自动化
5. 机械设计制造及其自动化
6. 地质工程
7. 测控技术与仪器
8. 焊接技术与工程
9. 土木工程
10. 测绘工程
11. 电气工程与智能控制
12. 电气工程及其自动化
13. 数据科学与大数据技术
14. 轨道交通信号与控制
这些专业根据不同的评价标准和时间可能有所变动，请以新疆工程学院最新公布的信息为准。
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